据人民网2010年12月21日讯 马军已获得国家发明二等奖2项、国家科技进步三等奖1项、霍英东教育基金会高等学校青年教师奖，享受国务院政府特殊津贴。此外，他还获得中国青年科技奖、中国青年优秀科技创新奖等多项奖励。多年的努力换来接踵而至的荣誉，然而马军始终保持着低调的科学家本色。
　　2007年，马军获得长江学者成就奖。那一年，全国仅有3名学者入选该奖项。当很多人都为此而欢欣鼓舞时，一直忙着在澳大利亚开会的马军自己却全然不知。马军将这一荣誉归结为学校和老师的大力支持及团队的努力协作，他还表示，将把获得的奖金全部用于水污染研究和人才培养，着力解决我国水处理中尚未攻破的难题，培养出更多的年轻学者和专业技术人才。
　　2006年，媒体报道第六届中国青年科学家奖颁奖仪式时，对马军所作贡献和所取得成绩概括为“变污水为清水，取得多项自主知识产权的哈尔滨工业大学市政环境工程学院马军教授”。而马军在去北京领奖前，他的学生还以为他又去参加某个研讨会了。直到媒体大量报道后，他们才知道了事情的“真相”。对于马军教授所取得的这一荣誉，他的学生说：“我们一点也不感到惊奇。这是他应该得到的，因为他付出了那么多。”

 

　　走上给水排水工程这条专业之路的马军最初并不清楚这是条什么样的路。1978年，在高中提前参加高考报考志愿时，班主任帮他填报了两个专业：通信工程和给水排水工程，两个当时的冷门专业。拿到录取通知书后，他对给水排水工程专业没有任何概念。问来问去，终于有个同学这样告诉他：“这个专业就是学怎么掏‘马葫芦’的（东北方言里表示‘下水道的检查井’）。”对于那时梦想着成为陈景润的马军来说，这个猜测足以粉碎他对未来的美好憧憬。马军说：“那时心里暗想：去学校看看，如果真是这样一个专业就退学重考，自己年龄还小也不怕再考一年。”
　　16岁的马军正是抱着这样的想法到了学校。不过，听了老师对于给水排水工程专业的详细介绍，透过老教授那厚重的镜片和意味深长的教诲，马军好像听到了召唤。那个同学口中的掏“马葫芦”专业在马军脑子里变得具体生动起来。就这样，他成为原哈尔滨建筑工程学院给水排水工程专业的一名学生。
　　1982年，马军师从中国工程院院士李圭白攻读硕士；1990年，他成为该院市政工程专业第一位博士生。在此期间，马军锋芒初露。在导师指导下，他摸索出一种高灵敏度、高准确度的检测水中微量有机污染物丙烯酰胺的方法，使检测准确率由过去的40%提高到90%以上。他随后又找到去除该污染物的方法，并申报国家发明专利，应用于水厂。他提交的高锰酸钾除污染效能与机理的博士论文受到答辩委员会的好评，该技术随后被列入室外给水设计规范并在很多中水厂应用实施。1993年，在同济大学做了两年博士后的马军得到国际“居里夫人”一等博士后基金的资助，到英国工科最强的帝国理工学院留学深造。在国外期间，马军在权威杂志《国际臭氧科学与工程》上发表了自己的研究成果，引起了不小的轰动，成为高引用率论文。回国后他继续开展臭氧催化氧化除污染方面的研究工作，先后将研究成果应用于饮用水深度净化处理与污水资源化利用工程中，为保障饮用水水质安全、控制水源污染及回收利用污水资源提供了技术理论依据。
　　归国后，马军选择回到哈工大任教。此后，马军申请到了英国皇家学会国际合作项目，还相继获得国家自然科学资金和国家杰出青年科学基金的资助。1999年，回国不满5年的马军受聘成为国家教育部第二批“长江学者奖励计划”特聘教授。他注重理论与实际相结合，在水处理高级氧化技术、膜技术方面开展系统的研究工作，他发现在水处理过程中形成的中间态成分具有很强的除污染作用，逐步地形成具有经济低耗特征、能够显著提高水质的技术体系，在饮用水水质净化、污水处理及资源化利用方面表现出很大的应用潜力。如今，马军是哈尔滨工业大学市政环境工程学院的副院长。
　　在众多荣誉面前，马军提到最多和反复强调的是“责任”。正是责任感促使他为人们能喝上清澈、纯净的水而马不停蹄。
　　许多人都还记得，2005年11月，吉林市双苯厂爆炸，松花江水受到硝基苯和苯的污染，以松花江为饮用水源的哈尔滨市面临水污染的威胁。哈尔滨市政府承诺停水3天后，让放心水重新进入千家万户。这项任务落在了马军和相关专家及科研人员的肩上。
　　正在外地开会的马军接到建设部的通知连夜赶回哈尔滨，家也没回，直奔水厂的水质中心现场。顶着巨大压力的马军组织有关教师、工程师和近20名博士和硕士研究生夜以继日地开展小型模拟试验，终于按时拿出了最佳处理工艺技术参数，为保证按时恢复供水提供了技术依据。
　　农村饮用水问题也是马军的关注焦点之一。2007年“两会”召开前夕，马军作为两会特别节目“小崔会客”的特派义工，前往陕西省志丹县一个偏远山村对陕西农村水资源状况和饮水问题进行调查，并在研究后形成可行性治理方案。马军调查的山村居民因为极度缺水所以长期饮用沟底水和水窖水，水质极差。调查后，他决定：免费为陕西农村供水提供各种服务，指导他们如何获得经济、低耗、简便的饮用水水质处理方法。
　　“我一直对农村的净水问题很感兴趣，也在沂蒙山区等地做过类似研究和工程应用，但像这么缺水的农村还是头一次遇到。我想利用这次义工的机会，了解是否能使上劲儿。如果能帮助农村饮水做点事儿还是很有意义的。”马军说，城市面临的主要是水质问题，而有些农村面临的是没水或水资源极度缺乏的问题。不过，他相信通过各方面共同努力，找到一些简便、经济又适合当地条件的水处理方案完全有可能。他一直在为此而努力着。
　　“忙工作”几乎是马军生活的全部内容。身为教授的他把学生放在重要位置。有一件事情让他的学生很感动。去年7月，刚做完阑尾炎手术的马军打电话给学生说要看论文，第二天就把论文拿来批改，第三天，就跑到了实验室和学生讨论课题。
　　这就是马军，他因为兴趣与“水”结缘，又因为责任与“水”紧密相连。作为水处理专家，马军在科学研究上也具有水的特质，那就是百折不挠、永不停息。